Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) breidt storageomgeving uit met Bull

Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) breidt storageomgeving uit met Bull

07-04-2013

Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) breidt storageomgeving uit met Bull


Het ontrafelen van het menselijke DNA is een reken- en data-intensieve zaak. Ieder mens heeft zo’n drie miljard DNA-sequenties die stuk voor stuk bepaald moeten worden. Om snelheid in dit onderzoek te brengen, zijn veel opslagcapaciteit en een snelle I/O (Input/Output) onontbeerlijk. Het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) schakelde Bull in om gezamenlijk een storageomgeving te ontwikkelen, die hierin voorziet.
 

Het LUMC is een van de universitaire medische centra in Nederland, waar DNA-onderzoek plaatsvindt. Daarbij brengen onderzoekers de complete DNA-sequenties van een individu in kaart. “Dat zijn ongeveer drie miljard combinaties van de letters A, C, G en T, de vier bouwstenen van het DNA”, zegt dr. Kai Ye, Assistant Professor Medische Statistiek & Bio-info bij de afdeling Moleculaire Epidemiologie van het LUMC. Hij is samen met projectleider Rob Cornelisse van de IT-afdeling van het medisch centrum nauw betrokken geweest bij het storageproject. 

Capaciteit

Bij het wetenschappelijke DNA-onderzoek komt een grote hoeveelheid data vrij. Dr. Ye: “Per individu gaat het al om één terabyte aan gegevens. Er lopen nu verschillende onderzoeken waarin we de gegevens van honderden mensen verzamelen. Om al deze gegevens te verwerken, is naast voldoende opslagcapaciteit een hoge I/O nodig om data snel te verwerken. De onderzoeken hebben op dit moment vooral een wetenschappelijk karakter, maar zijn ook van invloed op de patiëntenzorg. Uiteindelijke doel is om deze kennis in te zetten voor het opsporen en behandelen van ziektes. Bij DNA-onderzoek kijken we naar de sequenties van proefpersonen en controleren die op onregelmatigheden die bijvoorbeeld verband houden met kanker.” 

Uitbreiding

Doordat de onderzoeksgroep bij het LUMC met de bestaande storageomgeving tegen de grenzen van de capaciteit aanliep, startte zij in samenwerking met Bull een oriëntatie op een nieuw systeem. Daarbij koos de groep voor een eigen systeem dat uitsluitend bestemd is voor researchdoeleinden. Cornelisse: “We hebben na een uitgebreid en complex selectieproces gekozen voor de systemen van Isilon, dat nu onderdeel is van EMC. Deze leverancier heeft een sterke reputatie in de wereld van medisch onderzoek vanwege zijn high-end systemen. Capaciteit en prestaties waren uiteraard belangrijke eisen, maar ook flexibiliteit en beheer speelden een rol bij de selectie. Zo biedt Isilon bijvoorbeeld de mogelijkheid om bestandssystemen van 1 petabyte te creëren. Dat is praktisch in onderzoeksomgevingen waar we met grote hoeveelheden data werken.” 

Implementatie

Voor installatie en implementatie van de oplossing schakelde het LUMC Bull in. Bull is na het winnen van een Europese aanbesteding de vaste partner van het medisch centrum op het gebied van storage. Bull installeerde samen met de IT-afdeling van het LUMC een Isilon Cluster dat is opgebouwd uit vier 72NL Series-nodes. Deze configuratie voorziet in bijna 200 TB aan netto opslagcapaciteit. Daarnaast maakt het LUMC gebruik van SnapshotIQ- (voor snapshotbeheer) en SmartConnect-software voor load-balancing en failover-ondersteuning. Het systeembeheer vindt plaats met behulp van Isilon OneFS, de eigen beheersoftware van Isilon. 

Voordelen

Het belangrijkste voordeel van de nieuwe omgeving is, dat de onderzoeksafdeling nu beschikt over een volledig eigen storageomgeving die is afgestemd op de eisen en wensen van het DNA-onderzoek. Dr. Ye: “We beschikken over een opslagplatform voor grote volumes data met voldoende snelheid om analyses uit te voeren. Ook is het systeem qua uitbreiding voldoende flexibel. We zien nu al dat we in 2012 waarschijnlijk weer meer capaciteit nodig zullen hebben. Dat is dan in principe snel uit te voeren.” 
 
Leids Universitair Medisch Centrum
Het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) is een centrum van medische vernieuwing, dat de patiëntenzorg wil verbeteren door wetenschappelijk onderzoek. Het leidt artsen, gespecialiseerde zorgverleners en onderzoekers op om daaraan bij te dragen. Naast algemene patiëntenzorg biedt het LUMC specialistische behandelingen die slechts in een beperkt aantal medische centra mogen worden uitgevoerd. Het LUMC onderscheidt zich met name als verwijscentrum voor complexe medische vragen waar geen pasklare antwoorden op zijn. Wetenschappers en artsen werken samen aan een beter begrip van ziekten en aan nieuwe behandelmethoden. 
 

Terug naar nieuws overzicht

Tags

Zorg