Prinses Maxima Centrum onderzoekt kinderkanker met Google Cloud

De onderzoeksgroep van dr. Patrick Kemmeren van het Prinses Máxima Centrum voor kinderoncologie gaat de technologie van Google Cloud inzetten om op grotere schaal onderzoek uit te voeren naar mutaties bij kinderkanker. Het doel is om een uitgebreid beeld te krijgen van mogelijke tumorspecifieke mutaties die hopelijk de weg vrijmaken voor een state-of-the-art databron voor onderzoekers wereldwijd.

Google Cloud aanbieder Sparkle zal in nauwe samenwerking met Google Cloud partner Omnigen het platform de komende twee jaar helpen implementeren. Het project is toegekend aan Sparkle binnen de Europese tender van het Open Clouds for Research Environments (OCRE) project en heeft een subsidie van bijna een half miljoen euro gekregen om deze transitie mogelijk te maken.

Kinderkanker is een voorkomende doodsoorzaak door ziekte bij kinderen. Door genetische afwijkingen in het genoom van kinderkanker te onderzoeken, kunnen wetenschappers de ontwikkeling of progressie van tumoren beter begrijpen. Dit helpt bij het personaliseren van de patiëntenzorg, waardoor de overlevingskansen worden vergroot en de kwaliteit van leven wordt verbeterd. Google Cloud technologie biedt betere schaalbaarheid, snelheid, gegevensbeveiliging en een unieke state-of-the-art analyse framework die onderzoekers van het Prinses Máxima Centrum kunnen helpen bij hun inspanningen om mutaties gerelateerd aan kinderkanker aan het licht te brengen.

Het tweejarige project, dat in oktober van dit jaar van start gaat, heeft drie onderzoeksdoelen:

Complexe mutaties detecteren en de impact ervan op tumorontwikkeling interpreteren

Mutaties in niet-coderend DNA in kaart brengen - een tot dusver minder onderzocht gebied - en de impact ervan op nabijgelegen coderend DNA

Een veilige bron van kinderkanker genoomdata bieden die mogelijk herbruikbaar is voor andere onderzoekers

Analyse

“Via de cloud kunnen we grootschalige heranalyses uitvoeren met meer genoomdata en met een hogere snelheid. Waar een analyse op een lokaal rekencluster ongeveer zes maanden kan duren, kunnen we dat met de cloud binnen een paar weken doen”, zegt Patrick Kemmeren. “Ook kan het de samenwerking tussen onderzoekers stimuleren: door veel gestandaardiseerde data beschikbaar te hebben in de cloud, kunnen we medewerkers makkelijker toegang geven tot data op een veilige, gecontroleerde manier zodat ze hun analyses kunnen uitvoeren. Omdat kanker bij kinderen zeldzaam is, is toegang tot dit soort gegevens essentieel om het onderzoek te versnellen en uiteindelijk gerichte therapieën te ontwikkelen."

Dr. Paul van Dijk, Tech Lead Research IT bij het Prinses Máxima Centrum, zegt: “Met dit project hopen we de basis te leggen voor een goed ontworpen Google Cloud omgeving voor onderzoek in het Prinses Máxima Centrum. Dit past perfect bij de OCRE-subsidie: om cloud adoptie te vergemakkelijken, zowel op het niveau van de individuele onderzoeker als op instellingsniveau.”

"We zijn erg trots om samen met onze partners deel te nemen aan dit project om digitale technologieën ten dienste te stellen van wetenschappelijk onderzoek", zegt Maria Teresa Ferrigno, EVP Enterprise bij Sparkle. “Met dit project bevestigen we onze inzet, via het OCRE Cloud Framework, om de beste cloudoplossingen te bieden aan de Europese onderwijs- en onderzoekssector door de kosten en complexiteit van de transitie naar de cloud te verminderen.”

Berry Kriesels, CEO en oprichter van Omnigen, zegt: “In een project zoals deze hebben we de mogelijkheid om diepgaand en op volledige schaal de toegevoegde maatschappelijke waarde van cloud computing voor wetenschappelijk onderzoek aan te tonen en de hulp die het kan bieden bij het begrijpen van moeilijk op te lossen uitdagingen zoals pediatrische oncologie.”

“We zijn er trots op dat Google Cloud technologie, best practices en expertise zullen bijdragen aan de acceptatie en effectiviteit van cloudservices in onderzoek. Door het Prinses Máxima Centrum te ondersteunen, zullen we een rol spelen bij de totstandkoming van Comprehensive Childhood Cancer Commons en helpen bij het stimuleren van innovaties in onderzoek, diagnostiek en behandeling van kinderkanker”, aldus Erwin Angelier, hoofd van de publieke sector Nederland bij Google Cloud.